Um mapa genético é um diagrama onde são representados os genes com suas respectivas posições no cromossomo. Eles são essenciais para o procedimento de localização de genes envolvidos no controle genético de caracteres quantitativos ou no controle de outros caracteres de interesse econômico. No presente trabalho avalia-se, via simulação computacional de dados, a eficiência dos algoritmos simulated annealing, delineação rápida em cadeia e ramos e conexões, para a construção de mapas genéticos. Nas condições avaliadas, o algoritmo ramos e conexões foi o mais rápido, sendo que tanto este, quanto a delineação rápida em cadeia apresentaram 100% de eficiência. A eficiência do simulated annealing para ordenação de marcadores variou com o número de marcadores, para 5 e 10 foi de 100%, para 15 99,8% e com 20 marcadores a eficiência obtida foi de 99,2%.

The efficiency of Simulated Annealing (SA), Rapid Chain Delineation (RCD) and Branch and Bounds (BB) algorithms was evaluated by a Monte Carlo method. Regarding the conditions appraised the Branch and Bounds showed to be the fastest among them. Both RCD and BB were 100% efficient. The efficiency of SA depends on the length of the linkage group to be ordered. For 5 and 10 the efficiency was 100%, for 15 it was 99.8% and for 20 it was 99.2%.

Fenômenos naturais, principalmente aqueles observados na agricultura, tais como produtividade de grãos e incidência de doenças, apresentam-se espacialmente autocorrelacionados. Conduziu-se este trabalho com o objetivo de avaliar a existência de dependência espacial entre as notas, relativas à resistência de progênies de milho à ferrugem comum e seus efeitos sobre a seleção de progênies. O delineamento experimental utilizado foi em blocos ao acaso com três repetições e 100 tratamentos (98 progênies F3 e duas testemuhas). Na análise dos dados, considerou-se o modelo com erros independentes e com erros espacialmente autocorrelacionados. Verificou-se que o modelo com erros espacialmente correlacionados ajustou-se melhor aos dados. O efeito da dependência espacial foi altamente significativo, com alcance de 1,36 m. O número de progênies selecionadas ao se considerar a dependência espacial caiu de 23 para 11, e essas apresentaram um padrão de dispersão no campo bem mais condizente com o esperado.

The aim of this work was to evaluate the spatial dependency among the resistance scores of 98 maize progenies to the common rust (Puccinia sorghi) and its effects over the selection process. A randomized block design with 100 treatments (98 F2 progênies and two checks) was used. Models with independents and spacialy autocorrelated error were taken in account for the data analysis. The experiment showed a high spacial dependence. 23 progenies had been selected with the unadjusted means, and only 11 progenies showed the status of resistant, when the spacial dependence was take into account.

O mapeamento de locos envolvidos no controle gênico de caracteres quantitativos, QTL's, difere dos demais tipos de experimentos conduzidos em genética, por tratar-se, basicamente, de um procedimento de testes múltiplos. Um problema decorrente deste tipo de análise refere-se ao nível de significância conjunto e, consequentemente ao poder da mesma. Em vistas disto avaliou-se, via simulação computacional de dados, o poder de detecção de QTL's da análise de marcas simples, utilizando os critérios da razão de falsas descobertas (FDR) e de Bonferroni para determinação nível de significância conjunto alfa* e da regressão linear múltipla, empregando o procedimento "stepwise" para seleção das marcas. O procedimento baseado em regressão múltipla foi mais poderoso em identificar as marcas associadas a QTL's, do que os procedimentos baseados em testes individuais, utilizando tanto o critério FDR, quanto o de Bonferroni para o controle do nível de significância conjunto. Mesmo nos casos em que esse procedimento apresentou poder ligeiramente inferior aos demais, mostrou a grande vantagem de selecionar apenas as marcas mais fortemente ligadas a QTL's, devendo, portanto, ser preferido para seleção das marcas a serem utilizadas como covariáveis no processo de mapeamento por intervalo múltiplo. Dentre os critérios FDR e de Bonferroni, que são aplicáveis aos métodos de mapeamento por intervalo, o primeiro mostrou-se mais poderoso, devendo portanto ser preferido.

In general terms, Quantitative Trait Loci (QTL) mapping differs from other research tools used in genetics since it is, basically, a multiple test procedure. The use of this technique leads to problems related to the genomewise significance level and, consequently, to the power of the test. Using computational data simulation the power of QTL mapping was obtained, carried out through multiple linear regression using stepwise procedures to select markers. Procedures based on single marker analisys, using both the False Discover Rate (FDR) and the Bonferroni criteria to determinate the genomewise significance level were also used. The procedure based on multiple regression, using the stepwise technique, was the most powerful in identifying markers associated to QTL's. However, in cases where its power was less intense, its advantage was the ability to detect only markers strongly associated to QTL's. In comparison to the Bonferroni method, the FDR criterion was in general more powerful, and should be adopted for interval mapping procedures.

Estudou-se, no presente trabalho, a eficiência das seguintes alternativas de análise de experimentos realizados em látice quanto à precisão na estimação de componentes de variância, através da simulação computacional de dados: i) análise intrablocos do látice com tratamentos ajustados (primeira análise); ii) análise do látice em blocos casualizados completos (segunda análise); iii) análise intrablocos do látice com tratamentos não-ajustados (terceira análise); iv) análise do látice como blocos casualizados completos, utilizando as médias ajustadas dos tratamentos, obtidas a partir da análise com recuperação da informação interblocos, tendo como quadrado médio do resíduo a variância efetiva média dessa análise do látice (quarta análise). Os resultados obtidos mostram que se deve utilizar o modelo de análise intrablocos de experimentos em látice para se estimarem componentes de variância sempre que a eficiência relativa do delineamento em látice, em relação ao delineamento em Blocos Completos Casualizados, for superior a 100% e, em caso contrário, deve-se optar pelo modelo de análise em Blocos Casualizados Completos. A quarta alternativa de análise não deve ser recomendada em qualquer das duas situações.

The efficiency of fur alternatives of analysis of experiments in square lattice, related to the estimation of variance components, was studied through computational simulation of data: i) intrablock analysis of the lattice with adjusted treatments (first analysis); ii) lattices analysis as a randomized complete blocks design (second analysis); iii); intrablock analysis of the lattice with non-adjusted treatments (third analysis); iv) lattice analysis as a randomized complete blocks design, using the adjusted means of treatments, obtained through the analysis of lattice with recuperation of interblocks information, having as the residual mean square, the average effective variance of this same lattice analysis (fourth analysis). The results showed that the intrablock model, must be used with adjusted treatments in lattice experiments to estimate variance components every time that the relative efficiency of the lattice design, relatively to the randomized complete blocks design be upper to 100%, and in the opposite case the randomized complete blocks design model must be used. The fourth alternative of analysis must not be recommended in both situations.

Este trabalho teve como objetivo avaliar as seguintes alternativas de análise de grupo de experimentos em látice quadrado ("Square Lattice"), quanto à estimação de componentes de variância e alguns parâmetros genéticos: 1) análise intrablocos com tratamentos ajustados e blocos dentro de repetições não-ajustados; 2) análise do látice com blocos casualizados completos; 3) análise intrablocos com tratamentos não-ajustados e blocos dentro de repetições ajustados; 4) análise do látice como blocos casualizados completos, utilizando-se as médias ajustadas dos tratamentos, obtidas a partir da análise com recuperação da informação interblocos, tendo como quadrado médio do resíduo, a média dos resíduos (variância efetiva média), das análises individuais, desta mesma análise com recuperação da informação interblocos. Para as quatro alternativas de análise, obtiveram-se os estimadores e as estimativas para os componentes de variância e coeficientes de herdabilidade. Houve grande concordância entre as quatro alternativas de análise estudadas, quanto à classificação dos materiais avaliados. Para um particular conjunto de dados e dependendo dos objetivos da análise, convém pesquisar qual das alternativas de análise é preferível, principalmente nos casos em que se obtém uma estimativa negativa para o componente de variância devido a efeitos de blocos dentro de repetições ajustados, para várias das análises individuais.

This paper focused on four alternatives of experiment group analysis in square lattice as far as the estimation of variance components and some genetic parameters are concerned: 1) intra-block analysis with adjusted treatment and blocks within unadjusted repetitions; 2) lattice analysis as complete randomized blocks; 3) intrablock analysis with unadjusted treatment and blocks within adjusted repetitions; 4) lattice analysis as complete randomized blocks, by utilizing the adjusted means of treatments, obtained from the analysis with recovery of interblock information, having as mean square of the error the mean of the errors (mean effective variance) of the individual analyses, of this same analysis with recovery of interblock information. For the four alternatives of analysis, the estimators and estimates were obtained for the variance components and heritability coefficients. The classification of material was also studied. The present study suggests that for each experiment and depending on the objectives of the analysis, one should observe which alternative of analysis is preferable, mainly in cases where a negative estimate is obtained for the variance component due to effects of blocks within adjusted repetitions in the individual analyses.

Este trabalho teve como objetivo avaliar as seguintes alternativas de análise de experimentos em látice quadrado ("Square Lattice"), quanto à estimação de componentes de variância e alguns parâmetros genéticos: i) análise intrablocos com tratamentos ajustados, e blocos dentro de repetições não-ajustados; ii) análise do látice como blocos casualizados completos; iii) análise intrablocos com tratamentos não-ajustados e blocos dentro de repetições ajustados; iv) análise do látice como blocos casualizados completos, utilizando-se as médias ajustadas dos tratamentos, obtidas a partir da análise com recuperação da informação interblocos, tendo como quadrado médio do resíduo a variância efetiva média desta mesma análise com recuperação da informação interblocos. Para as quatro alternativas de análise, obtiveram-se os estimadores e as estimativas para os componentes de variância e coeficientes de herdabilidade. Houve uma grande concordância entre as quatro alternativas de análise estudadas, quanto à classificação dos materiais avaliados. Para um particular conjunto de dados e dependendo dos objetivos da análise, convém pesquisar qual das alternativas de análise é preferível, principalmente nos casos em que se obtém uma estimativa negativa para o componente de variância devido a efeitos de blocos dentro de repetições ajustados.

This paper focused on four alternatives of analysis of experiments in square lattice as far as the estimation of variance components and some genetic parameters are concerned: 1) intra-block analysis with adjusted treatment and blocks within unadjusted repetitions; 2) lattice analysis as complete randomized blocks; 3) intrablock analysis with unadjusted treatment and blocks within adjusted repetitions; 4) lattice analysis as complete randomized blocks, by utilizing the adjusted means of treatments, obtained from the analysis with recovery of interblock information, having as mean square of the error the mean effective variance of this same analysis with recovery of inter-block information. For the four alternatives of analysis, the estimators and estimates were obtained for the variance components and heritability coefficients. The classification of material was also studied. The present study suggests that for each experiment and depending of the objectives of the analysis, one should observe which alternative of analysis is preferable, mainly in cases where a negative estimate is obtained for the variance component due to effects of blocks within adjusted repetitions.